Balapan junior
Stoner menjajal balapan pertamanya pada usia empat tahun dalam sebuah balapan tanah kelas U9 (di bawah usia 9 tahun) di trek balap Mike Hatcher yang terletak di Gold Coast, Australia. Dari usia sembilan tahun sampai 14 tahun, Stoner berhasil memenangi 41 lomba lokal dan 70 lomba antar negara bagian Australia.
Stoner juga sempat mengikuti balapan super-sibuk selama lebih dari satu pekan, ketika ia mengikuti lima kelas balapan berbeda dalam sebuah perlombaan yang memperlombakan 35 balapan. Stoner sendiri berpartisipasi dalam 32 dari 35 balapan dalam lima kelas yang berbeda, dan ia kemudian mampu memenangi lima kelas tersebut.
Dikarenakan usia minimal untuk menjadi pembalap di Australia adalah 16 tahun, Stoner kemudian pindah ke Inggris, dimana disana usia minimal untuk mendapatkan SIM balapan adalah 14 tahun. Dari tahun 2000 sampai 2002, Stoner kemudian berpartisipasi dalam kejuaraan nasional balap motor 125cc di Inggris dan Spanyol. Stoner kemudian berhasil memenangi gelar juara Kejuaraan Balap Motor Aprilia Inggris tahun 2000. Penampilannya yang impresif kemudian menarik hati pembalap sekaligus manajer tim Lucio Cecchinello, yang kemudian memberikan kesempatan Stoner turun di balapan GP Inggris 2001 sebagai wild card, sebelum akhirnya pada 2002, Stoner turun penuh di MotoGP kelas 250cc bersama LCR Racing.
125cc dan 250cc